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PacBio完成大型基因组测序项目例证(下篇)
2014-04-11 22:00      我要评论

  

例证一:北冰洋鳕鱼

挪威Oslo大学生态和进化合成中心(CEES)的科研人员用PacBio技术完成了北冰洋鳕鱼基因组的拼接工作。北冰洋鳕鱼是挪威和其他北欧渔业国家非常重要的经济物种,挪威政府一直以来不断支持鳕鱼基因组的测序工作,期望能从中找到关键基因,以提高鳕鱼养殖业的抗病和高产能力。

鳕鱼基因组(830 Mb)测序项目启动于2008年,由CEES的科学家牵头,早期投入是在454平台上用shotgun和mate-pair测序以及基于BAC的Sanger测序法,但早期组装结果非常不理想,Contig十万个以上,Scaffold上千个,平均每个Scaffold中35%都是Gap,这给Annotation带来了极大挑战,科研人员不得不从棘鱼等其他鱼类的基因信息中获取参考,来重建鳕鱼基因组中丢失的部分,才算发表出了史上第一个北冰洋鳕鱼的基因组Draft。

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